Если в конфигураторе отключено обновление каких-то плагинов, то разделы в которых они находятся, продолжают считаться обновлёнными.
В то же время, весь комплект MAGGOT не признаётся соответствующим последней версии и помечается как требующий обновления.
Такое поведение является изначально запланированным.
